Протягом трьох робочих днів з дня отримання Фондом рішення про відкликання банківської ліцензії та ліквідацію неплатоспроможного банку виконавча дирекція Фонду затверджує реєстр вкладників для здійснення виплат гарантованого відшкодування. У разі ліквідації банку з підстав, визначених частиною другою статті 77 Закону України «Про банки і банківську діяльність» такий реєстр затверджується протягом 20 робочих днів з дня отримання Фондом рішення про відкликання ліцензії такого банку. Фонд розпочинає виплату відшкодування коштів вкладникам, їх уповноваженим представникам чи спадкоємцям у національній валюті України з наступного робочого дня після затвердження виконавчою дирекцією Фонду реєстру вкладників для здійснення виплат гарантованої суми відшкодування. Виплата відшкодування здійснюється з урахуванням сум, сплачених вкладнику протягом дії тимчасової адміністрації у банку.
Упродовж 30 робочих днів з дня початку виплат вкладник може в межах гарантованої суми (до 200 тисяч гривень) отримати свої кошти в тому банку, який здійснює виплати (банку-агенті). Після закінчення цього строку виплати відбуваються на підставі індивідуальних письмових звернень вкладників Фонду. Фонд завершує виплати гарантованих сум відшкодування коштів за вкладами у день подання документів для внесення до Єдиного державного реєстру юридичних осіб запису про ліквідацію банку як юридичної особи.
